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5.3 검찰개혁관련해 <검찰청법>·<형사소송법>공포안이 국무회의에서 의결됐다. 문재인대통령은 국무회의에서 <권력기관개혁은촛불정부의큰사명이자국민의염원>이라며 <이같은내용의검경수사권조정과검찰개혁은역사적·시대적소명에부합하는정책방향>이라고 밝혔다. 앞서 민주당(더불어민주당)은 문재인대통령임기내에 법안을 처리해야 국무회의에서 공포될수 있다고 보고 국회표결을 다그쳤다. 민주당은 국민당(국민의힘)이 필리버스터등 강제력을 동원해 저지할것을 고려해 다양한 방법을 추진했으나 박병석국회의장은 해외일정을 취소하면서 중재안마련에 나섰고 권성동국민당원내대표가 논의에 나서 민주당과 국민당이 중재안에 합의했다.
5.24 이준석국민당대표는 이합의안을 최고위원회에서 재검토하겠다는 입장을 밝히고 <(합의안에)심각한모순점들이있는상황>·<더이상의입법추진은무리>라고 거부했다. 김어준은 이에 대해 <국회의장과양당원내대표가합의하고양당의총을통과한법안을갑자기수정하고나섰다.이는70년정당사상처음,더군다나당대표가뒤집은역사는없다.이대표에게그럴힘이없다.>면서 <<당내1인자>권성동원내대표가주말내내본인성과,내가불러준내용이라고자랑하고다녔고김웅의원이반대하자<검찰기득권을변호하자는것이냐>까지이야기하면서의총에서(합의안을)통과시켰다>고 말했다. 이어 윤석열당선자가 이사안에 대한 할말이 있었다면 일찌감치 권성동에게 연락했을것이라며 <이대표가주재하는최고위에서뒤집어졌다.이대표는누군가의의지가관철되는형식일뿐>·<한(동훈법무장관)후보자가윤당선자를통해움직인것아니냐>고 추측했다. 그러면서 100명이 넘는 국회의원을 가진 당에서 결정사항을 이런식으로 뒤집는다는건 <굴욕>이라고 힐난했다.
민주당은 검찰의 수사·기소권분리를 위해 4.30 검찰청법, 5.3 형사소송법을 처리했다. 5.3 국회에서는 검찰에 남은 2개범죄(경제·부패)에 대한 수사권을 추후 완전히 분리할 구체적방안을 논의하기 위한 <사개특위(사법개혁특별위원회)>를 구성하는 안건도 함께 통과됐다. 사개특위에서 중대범죄수사청(중수청)신설과 이에 따른 다른 수사기관의 권한조정에 관한 사항을 논의할 예정이다. 이에 대한 구체적인 결정은 윤석열취임이후로 넘어가게 됐다. 4.25 방송된 대담에서 문재인대통령은 <한동훈후보자가검수완박은필히막겠다고얘기를했다>는 질문에 <그런표현자체도굉장히위험>하다면서 <편하게국민들을들먹이면안된다.진짜국민을이야기하려면정말많은고민이있어야된다고본다.대한민국의정의를어떤특정한사람들이독점할수는없는것>이라고 지적했다. 이어 <(검찰은)때때로무소불위아니겠느냐.대한민국에서는상식>이라며 <검찰이덮고기소하지않으면처벌할길이없다>고 말했다.
5.9 문재인대통령은 5년임기를 마치고 퇴임했다. 이날 문재인대통령은 청와대본관에서 퇴임연설을 했다. 연설에서 <대한민국은이제선진국이며선도국가가됐다>고 자평하고 <나라다운나라를요구한촛불광장의열망에우리정부가얼마나부응했는지숙연한마음이된다>고 덧붙였다. 또 남북관계와 관련해 <우리국민은평화와번영의새로운한반도시대에대한희망을키웠다>며 그러나 <우리의의지만으로넘기힘든장벽이있었다>고 밝히고 <남북대화재개와함께비핵화와평화제도화를위한노력이지속되길간절히바란다>고 말했다. 코비드19방역에 관해서 <국민도정부도대통령도정말고생많았다>고 말했다. 5.10 청와대0시개방을 고려해 전날 저녁 문재인대통령은 첫퇴근길에 나섰다. 청와대앞에는 문재인대통령을 배웅하려는 시민들이 모였고 간단히 인사말을 하는 사실상의 <퇴임식>을 가졌다. 문재인대통령은 5.10 윤석열대통령취임식에 참석한 후 경남양산 사저로 이동했다.