윤석열의 비상계엄은 대통령에 대한 불소추대상에 제외돼있는 내란혐의로 수사가 진행됐다. 내란혐의수사권은 경찰만 갖고있어 공수처(고위공직자범죄수사처)와 검찰은 직권남용으로 수사한다는 입장이었다. 공수처에 의한 체포·수사는 법원의 체포·수색영장등의 승인을 통해 인정됐으나 윤석열은 사사건건 공수처의 권한에 대해 시비질하며 체포와 구속을 모면하려했다. 2024.12.6 경찰은 현행법을 근거로 120여명규모의 전담수사팀을, 검찰도 같은날 군검찰과 함께 검찰특수본(특별수사본부)을 꾸렸다. 12.8 새벽 김용현전국방장관이 검찰에 자진출두했다. 여론은 윤석열정부가 <검찰정권>이라며 검찰수사에 의혹의 시선을 보냈다. 12.8 경찰은 전담수사팀을, 국가수사본부장을 단장으로 150여명규모의 <비상계엄특별수사단>으로 격상했고 같은날 공수처는 공수처법에 근거해 경찰과 검찰에 수사이첩을 요구했다. 12.9 브리핑에서 공수처는 법원의 요청이 있었다며 <본건수사가진행초기인점,특히검찰과경찰의수사에대해서는그대상자들과의관계에있어공정성논란이있는점등을고려해이첩요청권을행사한것>이라고 설명했다. 하지만 경찰과 검찰에게 공수처의 이첩요청을 받아들여야할 의무가 없었다. 경찰은 12.11 새벽 계엄당일 국회출입통제를 지시한 조지호경찰청장과 김봉식서울경찰청장을 내란혐의로 긴급체포했으나 경찰수뇌부에 대한 경찰수사에 공정성시비가 뒤따랐다. 이날 경찰은 경찰청국수본·공수처·국방부조사본부가 함께 12.3계엄을 보다 신속하고 효율적으로 수사하기 위해 공조본(공조수사본부)을 운영하기로 했다고 발표했다. 한편 12.10 국회에서 <내란상설특검>수사요구안이 가결처리됐다. 내란특검법은 일반특검이다. 상설특검은 대통령거부권을 행사할수 없어 빠르게 도입할수 있지만 수사기간이 60일(필요시30일연장)로 비교적 짧고 규모가 작다. 특검이 시작되면 수사권한이 기존수사기관에서 특검으로 넘어가게 되지만 <내란특검법>은 대통령권한대행이 계속 거부권을 행사하고있어서 내란수사는 공조본과 검찰특수본에서 진행중이다. 검찰의 수사에 대한 불신이 있는 상황에서 검찰과 공수처가 논의해 윤석열에 대한 수사는 12.18 공수처가 맡기로 정리했다. 공수처는 기소권이 없는것으로 판단돼 공수처수사후에는 검찰로 송치된다. 공수처는 3차에 걸친 소환통보에도 윤석열이 출두하지않자 12.30 법원으로부터 윤석열에 대한 체포영장을 발부받았다. 법원은 공수처의 수사권과 체포를 인정했지만 윤석열은 이런 권한을 인정하지않고 계속 거부했다. 2025.1.5 법원은 윤석열이 공수처장을 상대로 낸 체포·수색영장집행에 대한 이의신청에 대해서도 기각했다. 1.6 공수처는 1차체포집행에 들어갔으나 대통령실경호처의 거부로 집행하지못했다. 한남동관저앞에는 맹추위에도 윤석열체포를 촉구하는 철야시위가 이어졌다. 대통령실경호처가 공권력에 맞서면서 2개의 국가기관이 충돌하게 됐고 경호관들은 <명령불복종>과 <공무집행방해> 둘중 하나를 선택해야했다. 경호처에 대한 최종지휘권을 갖는 최상목대통령권한대행은 공수처의 협조요청에는 침묵하고 경호처의 협조요청에는 경찰측에 <검토해서협의하라>고 전달했다. 최상목은 2차체포집행을 앞두고 <불행한사태가발생하면엄중히책임을물을것>이라고 경고해 사실상 체포집행기관을 압박했다. 1.15 윤석열을 체포한 공수처는 제대로 수사하지못한채 1.23 검찰에 송치했다. 공권력과 사법체계를 무너뜨린 윤석열은 내란선동을 결코 중단하지않았다.
